Yra keletas skirtingų dėmių, kurios gali būti naudojamos vizualizuoti ir fotografuoti DNR po to, kai medžiaga buvo atskirta gelio elektroforeze. Tarp daugybės pasirinkimų šie penki štamai yra labiausiai paplitę, pradedant nuo etidžio bromido, kuris yra labiausiai paplitęs. Dirbdami su šiuo procesu svarbu žinoti ne tik štamų skirtumus, bet ir būdingus pavojus sveikatai.
01 Etidio bromidas
Etidio bromidas yra labiausiai žinomas dažiklis, naudojamas DNR vizualizavimui. Šis dažiklis gali būti naudojamas gelio mišinyje, elektroforezės buferyje arba dėmėje po gelio. Dažiklio molekulės laikosi DNR sienelių ir fluorescuoja ultravioletinėje šviesoje, tiksliai parodant, kur juostos patenka į gelį. Nepaisant to, kad pranašumas yra tai, kad etidžio bromidas yra galimas kancerogenas, todėl jį reikia elgtis labai atsargiai. Dėl galimo pavojaus sveikatai dirbant su šiuo želiu, buvo nustatyta alternatyva. 02 SYBR Gold
SYBR Auksinis dažiklis gali būti naudojamas dėmių dvigubai arba viengubai DNR dėmių dėmėms arba dažyti RNR. "SYBR Gold" buvo viena iš pirmųjų etidiumo bromido alternatyvų, kuri pasiekė rinką, ir laikoma labiau jautriu nei etidiumo bromidu. Dažanti medžiaga yra 1000 kartų didesnė UV fluorescencija, kai ji yra susijusi su nukleino rūgštimis. Tada jis įsiskverbia į storus ir didelius procentus agarozės gelių ir gali būti naudojamas formaldehido gelyje. Kadangi nesusijusi molekulė fluorescencija yra tokia maža, jos nereikalingos. Licencijos turėtojas Molekulinės zondai taip pat (nuo SYBR Gold atidarymo) sukūrė ir parduoda SYBR Safe ir SYBR Green, kurie yra saugesni etidžio bromido alternatyvos.
03 SYBR Green
SYBR Green I ir II dėmės (dar kartą parduodamos Molecular Probes) yra optimizuotos skirtingais tikslais. Kadangi jie jungiasi prie DNR, jie vis dar laikomi potencialiais mutagenais ir dėl to juos reikia elgtis atsargiai. SYBR Green I yra jautresnis naudojimui su dvigubos jungties DNR, o SYBR Green II, kita vertus, geriausiai tinka naudoti su viengubos DNR ar RNR. Kaip ir populiarus "Ethidium Bromide" dažiklis, šios labai jautrios dėmės fluorescuoja UV šviesoje. 04 SYBR saugus
SYBR Safe buvo sukurta kaip saugesnė alternatyva etido bromidui ir kitiems SYBR dėmėms. Ji nelaikoma pavojingomis atliekomis ir paprastai gali būti šalinama per įprastas kanalizacijos sistemas (ty žemyn nutekėjimą), nes toksiškumo bandymai rodo, kad nėra ūmaus toksiškumo. Tyrimas taip pat rodo, kad Sirijos kiausio embriono (SHE) ląstelių, žmogaus limfocitų, pelių limfomos ląstelių ir AMES testo genotoksiškumas yra nedidelis arba jo nėra. Dėmė gali būti naudojama su mėlyna šviesa transilluminator, kuris sukelia mažiau žalos vizualizuoti DNR ir siūlo geresnį efektyvumą vėlesniam klonavimui. 05 Eva Green
Eva Green yra žalias fluorescuojantis dažiklis, kuris, kaip nustatyta, slopina PGR mažiau nei kiti dažikliai. Tai labai naudinga programoms, pvz., Kiekybinei realaus laiko PGR. Tai taip pat yra geras pasirinkimas, jei naudojate mažos lydymosi temperatūros gelius DNR atsistatymui. Jis labai stabilus aukštoje temperatūroje ir turi labai mažą fluorescenciją, tačiau yra labai fluorescencinis, kai prisijungia prie DNR. Taip pat nustatyta, kad Eva Green turi labai mažą citotoksiškumą ar mutageniškumą.